Cha mẹ và anh em ruột

Neferefre có thể chính là người con trai cả của vị tiên vương Neferirkare Kakai với nữ hoàng Khentkaus II[35][3][5]Điều này được thể hiện rõ thông qua một bức phù điêu trên một phiến đá vôi được phát hiện trong một ngôi nhà tại một ngôi làng nằm gần Abusir[36], bức phù điêu này miêu tả vua Neferirkare và người vợ của ông, Khentkaus, cùng với "người con trai cả của đức vua Ranefer",[note 5][37]. Điều này cho thấy rằng Ranefer là tên gọi của Neferefre khi ông còn là hoàng thái tử, tức là trước khi ông lên ngôi.[38]

Neferirkare và Khentkaus còn có ít nhất một người con trai khác, vị vua tương lai Nyuserre Ini. Ngoài ra, bởi vì mối quan hệ giữa Shepseskare và Neferefre hiện vẫn chưa được xác định một cách chắc chắn, có thể cả hai cũng là anh em ruột của nhau theo như giả thuyết của nhà Ai Cập học Silke Roth [39]mặc dù vậy còn có các giả thuyết khác về vấn đề này như: Miroslav Verner nhìn nhận Shepseskare như là một người con trai của vua Sahure và do đó là chú của Neferefre, trong khi Jaromír Krejčí tin rằng Shepseskare là con trai của Neferefre[40]. Ngoài ra, còn có một người anh em khác[41], có thể trẻ tuổi hơn cả Neferefre lẫn Nyuserre cũng đã được đề xuất[42]: Iryenre, một hoàng tử Iry-pat[note 6]

Hôn phối và con cái

Cho tới tận năm 2014, các nhà khảo cổ học vẫn chưa thể biết được vị hoàng hậu nào là vợ của vua Neferefre[44][40]. Tuy vậy vào cuối năm này, ngôi mộ mastaba của Khentakawess III đã được các nhà khảo cổ học thuộc viện Ai Cập học của Séc phát hiện tại khu vực Abusir, nó nằm về hướng đông nam kim tự tháp của Neferefre.[45][46][47]Vị trí và niên đại của ngôi mộ cũng như các dòng chữ khắc được tìm thấy tại đây đã giúp củng cố giả thuyết cho rằng Khentkaus III chính là nữ hoàng của Neferefre[48]. Trên thực tế, mặc dù Khentakawess III dường như đã được an táng tại đây khá lâu sau khi triều đại của Neferefre kết thúc, nhưng mastaba của bà lại nằm sát gần với kim tự tháp của ông,[note 7] và bà còn mang tước hiệu "vợ của đức vua", điều đó đủ chứng minh rằng bà là một nữ hoàng.[45]

Ngoài ra, Khentkaus III còn được gọi là "Mẹ của đức Vua" thông qua những dòng chữ khắc trong ngôi mộ của bà, điều này cho thấy rằng con trai của bà đã trở thành pharaon. Bởi vì vị vua kế vị thứ hai của Neferefre là Nyuserre Ini vốn được biết đến là người em trai chứ không phải là con trai của ông và bởi vì nhiều khả năng Khentakawess III đã qua đời dưới triều đại của Nyuserre, theo như những dấu triện bùn cho thấy,[45]do đó hoặc Shepseskare hoặc vị vua kế vị Nyuserre sau này là Menkauhor Kaiu[45]có thể là con trai của Neferefre. Hiện nay đang có một cuộc tranh luận giữa các nhà Ai Cập học liên quan đến hai phương án này, một bên với Verner cho rằng Shepseskare là một người chú của Neferefre và do đó thì Menkauhor Kaiu là con trai của Neferefre còn Krejčí thì lại cho rằng Shepseskare là con trai của Neferefre với Khentakawess III[40]